wikipediaの「2019年沖縄県民投票」を読むと
「有権者の50分の一以上の署名を提出した点」は正しい手順です。
ただし、「今回の県民投票は日本国憲法第95条に基づき特別法を制定するためのものでも、地方自治法に基づき議会の解散や首長・議員の解職を求めるものでもないことから、総務省は「結果に従う義務を定めた法律は存在せず、法的拘束力はない」との見解を示している」ということなんです。
ここでいう特別法の例を挙げると「民法」という広い法律の中の、商売に関する特別法として「商法」があるように、
「すでにある法律の中で、ある特定の物事に関する法律を制定したい場合」や「県議会の議長や議員などのリコールを住民が求める」といった場合の「住民投票」なら法的拘束力があるとのこと。
よって今回の正式名称「辺野古米軍基地建設のための埋立ての賛否を問う県民投票」は、特別法を制定したり特定の人のリコールを求めたものではなく、住民の意思を知る手段に過ぎません。
賛否が出ても「何かの法律に従って、国会で議論が始まる」とか「埋め立て工事を止めることができる」、はたまた「市長や安倍総理の辞任を求められる」といったものではありません。
ですので、紆余曲折、苦労しながら県民投票を実施し、
仮に「反対60%、賛成40%」という結果が出たとしても、そのフレーズを利用するマスコミや人達が出てくるだけです。

さらに不参加の都市が出た場合、「沖縄県民の有権者の60%が反対」というフレーズが使えず、「沖縄県民の70%の有権者の60%が反対」、とインパクトの弱いフレーズになるだけでなく、70%×60%=42%が反対と目減りします。